La sua origine è incerta, ma sembra probabile la presenza etrusca per alcuni ritrovamenti archeologici.
Fu occupata dai Tirreni e poi dai Sanniti fino a quando passò sotto il dominio di Roma. La città fu, in Seguito, danneggiata dal dittatore romano Lucio Cornelio Silla e, successivamente, dai terremoti del 62 e del 64 d.C. e dall'eruzione del Vesuvio del 79 d. C.
Nella zona sono stati rinvenuti importanti resti di una necropoli pre-romana (sec. VII a.C.) mentre del periodo romano restano solo i ruderi di due grandi cisterne. Il territorio di Vico Equense fece parte del ducato di Sorrento fino all'inizio della dominazione angioina, quando divenne comune autonomo .
Il centro moderno fu fondato da Carlo D'Angiò (1285-1309), che usava soggiornare nella zona e che trasformò il borgo in un centro urbano. Il nome Vico deriverebbe da Vici (piccoli villaggi sulle strade principali) e divenne poi Vicus Aequensis dal nome del borgo principale detto Borgo dei Cavalieri. Nel 1301 Carlo D'Angiò fece costruire qui un castello che nel '600 venne ristrutturato dal conte Girolamo Giusso da cui il nome di Castello Giusso.

Il paese è costituito da numerosi borghi e frazioni che prendono origine dagli antichi casali (circa 13 presumibilmente intorno al 1300). Attraverso un'unica strada, via Raffaele Bosco, è possibile raggiungere la maggior parte di essi (S. Salvatore, Massaquano, Moiano, S. Maria del Castello, Ticciano, Preazzano, Arola, Fornacelle, Pacognano, Seiano). Passando per le strade costiere si incontrano invece Montechiaro e S. Maria del Toro. Nel loro insieme questi borghi costituiscono un percorso variegato tra dolci colline, terre coltivate, testimonianze artistiche e numerose leggende.
Nel 1600 la storia di Vico è legata anche ai contrasti avuti con la vicina Sorrento rispetto alla quale l'esigenza di autonomia è sempre stata forte.
Sede vescovile sin dai primi decenni del sec. VII, annoverò tra i suoi vescovi Monsignor Paolo Regio celebrato letterato del sec. XVI e Monsignor Michele Natale, vittima della rivoluzione napoletana del 1799. Con decreto del 27 giugno 1818 di Pio VII la diocesi fu soppressa e il territorio aggregato all'arcidiocesi di Sorrento.
Molti dei reperti archeologici rinvenuti recentemente nella zona equana (resti di una necropoli del VI secolo avanti Cristo) testimoniano la presenza di Etruschi, Osci e Sanniti, che si spostarono dalle piane settentrionali a sud della penisola Italica, prima dell'arrivo dei Greci. In epoca Romana, Equa (o Aequana, termine di origine etimologicamente incerta: o da "Equi", popolazione che, come attesa Silio Italico nel suo "De Bello Punico", combatte' contro i Romani nella II guerra punica; o, piu' probabilmente, dal sostantivo "aequum", cioe' superfice pianeggiante) raggiunse una notevole prosperità rispetto agli altri centri della Penisola Sorrentina.
Successivamente, fu brutalmente devastata prima dalla guerra di Silla, poi dall'eruzione del Vesuvio nel 79 d.C. e, infine, più volte saccheggiata da Goti e Saraceni. Con la venuta degli Angioini si chiamò ufficialmente "Vico Equense" (Vico deriverebbe da "vicus", villaggio), diventando dimora prediletta di Caro II d'Angiò, il quale si fece costruire un palazzo su uno dei colli che circondano il "villaggio". Al centro delle dispute fra Angioini e Aragonesi, Vico fu anche sede vescovile. La Repubblica Partenopea del 1799 fu salutata dai vicani con un "Te Deum" officiato dal vescovo liberale Michele Natale. Il vescovo fu poi giustiziato durante la violenta reazione borbonica. Nella Cattedrale di Vico Equense, inoltre, sono sepolti il celebre vescovo Paolo Regio (1535-1607), storico e poeta, e Gaetano Filangieri, autore della "Scienza della legislazione", morto nel Castello di Vico, a soli 36 anni, nel 1788.